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合同通用条款和专用条款的主要区别在于其用途、内容和解释顺序。
用途
通用条款：适用于所有相同版本的建设工程施工合同，规定了合同的基本要求和标准，如合同标的、数量、质量、价款、履行期限、地点和方式、违约责任等。
专用条款：是对通用条款的具体化、补充或修改，针对特定合同项目和当事人的特殊情况而规定的条款。它反映了当事人的特殊要求和利益，通常包括合同的具体执行方式、技术细节、风险分配、纠纷解决方式等。
内容
通用条款：是所有相同版本的建设工程施工合同共有的内容，适用于所有合同，规定了合同的基本要素和标准。
专用条款：是签订合同的双方针对合同项下的那个工程或者项目所作的有针对性的约定，通常包括发包人认为需要进一步具体化的条款，或根据本地区特点或惯例需增列或删除的条款，例如优质工程的奖励条款、承包人人员、设备不到位时的违约处理办法条款等。
解释顺序
通用条款：在合同中具有普遍适用性，但其解释顺序优先于专用条款。
专用条款：解释顺序优于通用条款，必须双方特别约定，才具有法律效力。
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