模型底部边界：设为不透水边界（即不设置任何边界条件）。
模型两侧边界：地下水位以上按零流量边界处理，地下水位以下为给定水头边界条件，水头值等于初始地下水位。
模型上部边界：施加正单元流量q来模拟降雨，q值等于降雨强度。当降雨强度小于土壤表面的入渗能力时，计算入渗速率取为降雨强度，边界条件为第二类边界条件；当降雨强度大于土壤表面的入渗能力时，一部分雨水沿坡面流失，会在坡面形成一薄层水膜，此时可按给定水头边界处理，边界条件转换为第一类边界条件。由于水膜很薄，计算中取模型上部边界表面节点水头值等于地表高程。在SEEP/W中，可以通过在模型上表面设置“表层（surface layer）”单元来模拟渗透、径流和积水，未立即渗入地面的水不被认为从分析中丧失，而是被允许在任何使用者定义的沿着表面的低点处形成积水并且逐步形成一个正压力水头。如果模型表面不存在位置较低的点，SEEP/W会在流量边界转化为水头边界时默认所有表面节点压力水头为0，即表面节点的水头值等于该点的高程值。
