中国科学院地质与地球物理研究所1999年6月由原中国科学院地质研究所和中国科学院地球物理研究所两所整合而成。整合前的两个研究所都有长达50余年的历史和丰厚的科研成果，在国内外学术界具有很高的地位。2004年将中国科学院武汉数学物理研究所的电离层研究室整体调整到所。整合原中国科学院兰州地质所，建立了中国科学院地质与地球物理研究所兰州油气资源研究中心。
研究所现有在职人员480人，其中科技人员298人，具有高级职称的专业科研人员215人。有中国科学院院士11人、中国工程院院士1人，国家自然科学杰出青年基金获得者28人，中科院“百人计划”入选者17人，国家“千人计划”2人。研究所是国家最早确定的硕士、博士研究生培养基地和博士后流动站单位，是中国科学院博士生重点培养基地，有地质学、地球物理学、地质工程二级学科的博士、硕士培养点，地质学、地球物理学、地质资源和地质工程三个博士后流动站。目前在读博士生、硕士生近550多人，在站博士后约100人。
研究所是从事固体地球科学研究与教育的综合性学术机构，以固体地球各圈层相互作用及其资源、环境、工程地质问题作为主攻方向。整合以来，研究所在科研布局上基本形成了地球动力学、环境与灾害、能源矿产“三足鼎立”的研究格局，共设有地球深部结构与过程、岩石圈演化、青藏高原、工程地质与水资源、油气资源、固体矿产资源、新生代地质与环境、地磁与空间物理等8个研究室；建有岩石圈演化国家重点实验室和北京国家空间环境野外科学观测研究站，以及工程地质力学、矿产资源研究、地球深部研究、油气资源研究、兰州气体地球化学、新生代地质与环境等6个中国科学院重点实验室。另外在干旱区环境演化与全球变化、地球磁场与地球外核动力学、俯冲碰撞造山的岩石学过程、青藏高原东部隆升的深部结构与地表过程响应等研究方向上建成4个国家自然科学基金委创新研究群体。
研究所配置了开展固体地球科学研究的大型观测和测试分析仪器，形成了地球物质成分与物质性质分析、地球深部结构观测、地质年代学测定、空间环境探测、古环境数据分析、数据处理计算等观测、实验、分析系统。此外，兰州油气资源研究中心还拥有固体组成分析、气体组成分析、有机组成分析、元素和同位素组成分析、古地磁和物相分析、样品前处理系列等高水平大型仪器设备，为地球科学测试、观测和实验提供了必要条件。研究所还在漠河、北京、三亚建有地磁观测台站，在南极建有地球物理观测研究台站。
目前，研究所承担了600多项各类科技项目，其中国家重要项目200多项，其他项目400多项；2009年，获得国家自然科学奖二等奖和国家科技进步奖二等奖各1项，发表各类学术论文约600篇，其中SCI收录论文255篇。
研究所图书馆目前藏书约35000余册，中外文学术期刊现刊350种，电子数据库20个，电子期刊及其他网络资源数十种，与国际著名大学和研究机构保持长期的交流。
研究所主办的国家一级学术刊物有：《地球物理学报》（SCI收录）、《岩石学报》（SCI收录）、《第四纪研究》、《地质科学》、《工程地质学报》、《地球物理学进展》、《沉积学报》和《天然气地球科学》。研究所是中国地球物理学会、中国岩石力学与工程学会、中国第四纪研究会等三个国家一级学会的挂靠单位。此外，甘肃省一级学会矿物岩石地球化学学会挂靠在兰州油气资源研究中心。
