我的观点：
对于单位工程而言，是指一个独立的建筑单元，即设计有独立的建筑基础平面图，如几号楼，某某车间，某某桥等，而不能将某小区同时建设的几栋类似建筑归为一单位工程，这点容易区分。但对于单位工程的相同条件的工程桩应该这样理解：抽样依据的条件必须一致，比方某工程采用CFG桩复合地基，置换率不统一，分别为m1,m2，则抽样时应对两种置换率分别进行抽样，而不能把总桩数作为基数。
至于你说的两栋楼按其总数抽样的问题，显然是不符合规范要求的，你无法用一份相同的报告分别提交给两栋楼的基础验收，而且如此抽样很可能达不到规范和设计图纸的要求的最低数量，例如两栋楼各310根桩，总数为620根桩，按总数抽1%则检测7根既可，但分别抽样则要各检测4根，总量为8根。
