东南大学岩土工程研究所是我国最早从事岩土工程研究的机构之一，该学科创建于1954年，1981年即开始招收硕士研究生，现具有博士学位和硕士学位授予权， 2000年开始招收博士研究生，现在岩土所读博士研究生和硕士研究生有50多名。现有教师33名，其中教授7名，副教授15名。教师中有博士学位者9名，有硕士学位者16名。结合国家建设，本学科逐步逐渐形成了自己的研究特色，在桩基动力学、高等级公路特殊地基处理、环境岩土工程，地下工程监控技术等研究领域中，取得了许多重要研究成果，有12项成果先后获得省部级科技进步奖。目前，本学科正承担高速公路、南京地铁工程、大型桥梁桩基工程、地下结构等领域的多项研究课题，年科研经费达500万元以上，在国内外核心期刊上年均发表50余篇高水平论文。2006年，岩土工程学科获得“十一五”江苏省重点学科，为学科的快速发展奠定坚实基础。
岩土工程研究所作为交通学院下属机构，实行系、所、中心合一的管理体制。即：岩土工程研究所、地下工程系、岩土工程测试研究中心 ，并下属南京东大岩土工程技术有限公司，设所长（主任）1名，副所长（主任）2名。研究所下设办公室、岩土工程实验室、研究室、 第一教研室、第二教研室及第三教研室，各设主任一名。
在完成目前承担的土木工程本科专业有关课程、岩土工程专业研究生课程教学的同时，从2002年开始，在土木工程专业本科生教学计划中，开始招收工程堪察的本科生。出版土木工程专业教材《土力学》（国家级重点教材）、《基础工程》、《土木工程地质》、《公路地基处理》四本本科生教材，组织编写《地下工程测试技术》、《桩基工程》本科生教材讲义。积极进行教学改革，将“土力学”、“基础工程”建成校级优秀课程。2003-2005年，进行“土力学”课程的双语教改，以适应注册岩土工程师国际化的需要。
积极开展对外技术开发服务是岩土工程研究所实行产学研一体化建设的主要措施。2003年，在原东南大学岩土工程测试研究中心的基础上，成立南京东大岩土工程技术有限公司。目前，东大岩土公司现有固定资产约450万元，拥有国际最先进的PDA打桩分析仪、TNO桩基完整性分析仪、SASW测试仪及完善的基础工程测试设备，并具有江苏省建委颁发的基础工程测试资质证书和工程勘察甲级证书，在江苏省和华东地区具有良好的信誉。
岩土工程学科一直注重国际合作与交流，与荷兰TNO研究院、比利时根特大学、日本佐贺大学、 美国密西根大学、美国PDA公司等建立了良好的合作关系。在继续维持以前良好关系的基础上，推动深层次的合作，包括互派研究生、教授互访、成果交流等。同时积极开拓新的国际合作领域，拟与美国著名大学密西根、日本港湾研究所等建立合作，选派年轻教师出国访问学习，鼓励年轻教师参加国际学术会议，提高他们的国际交流能力。
