其一为重点学科的评选：
重点学科的建设也已成为高校最最重要的工作，因为重点学科数涉及到教育部今后给各校的投入。因此各高校的重视。评选方法又如何呢？
一位参加过评选的学者大胆地做了揭露，他将其视为“分两步走”：
第一步，现有重点学科的评估排名。由于过去均是由专家打分，有关评选中的高校授贿和专家在评选博士点中受贿问题已是公开的秘密。因此这次教育部也做了重大改革，所有一级学科下的重点学科均有投票权，投票以学校的名义投票，校长签字。对一级学科下的各重点学科进行打分排名，报教育部最后统计总分，排在最后20%的重点学科自动取消，并且这些打分将公布。正由于考虑到这一点，因此各重点学科对待此项工作非常认真，打分也相对谨慎，客观。因为如自己打分与最终结果相差太多，说明打分的水平太低，恐被同行耻笑。而且通常重点学科均有一定的学术底蕴，比较看重学术声誉。通过这次打分，最终教育部摘帽了5%的重点学科，比原计划少，但各校的打分并没有公布。可以说这一评选方法是较为成功的。
因此在第二步的重点学科增选方面沿用了这个方法，每个申报单位均有一票。但这些学校参差不齐，有985，211大学，也有一般地方学校，军事院校等,投票无所顾忌。最终造成的局面是换票制，不管是学校水平如何，只有投我一票，我才投你一票。如某一级学科有25个学科，可以投13票同意，学校就要求必须能拿回13票同意，这完全成了一种交易。有些学校实际水平很差,但也要求一定要你投他一票,否则他的票就不要想。由于在这场游戏中参与者都希望从中获得利益，因此空头承诺，谎言，欺骗充斥其中，学科负责人从一地飞到另一地，学术殿堂被彻底的玷污了。某些三，四流的大学不择手段，漫天承诺，最终可能将最差的学校选上去。这样的投票结果怎么可信。而诚实守信的学校将被淘汰。
