2009年11月29日，中国科技期刊统计结果权威发布。 在此发布会上，首次增设了中国科技期刊综合评价指标，该指标系统性地综合考虑被评价期刊的各影响力指标（总被引频次、影响因子、他引率、基金论文比、引文率等）在其所在学科中的相对位置，并按照一定的权重系数将这些指标进行综合集成。通过该指标可以进行跨学科比较，该数值越大，说明该期刊的综合学术质量和影响力越高。
《水利学报》的综合评价总分为94.3，在1868种统计源期刊中排名第7位。 本次发布会上，《水利学报》再次荣获“百种中国杰出学术期刊”的称号，这是《水利学报》连续第8次获此殊荣。
根据中国科技信息所2009年的检索报告，《水利学报》各项指标如下：影响因子1.131(2008年为1.090)，在水利学科19种统计源期刊中排名第1位，在全部1868种统计源期刊中排名第82位；总被引频次 2999(2008年为2752)，在水利学科19种统计源期刊中排名第1位，在全部1868种统计源期刊中排名65。
