第一部：
卡拉哈里沙漠的原始部落布什人（布须曼人），生活简单朴实，家族和睦，没有私有财产观念。但一个从飞机上扔下来的可乐瓶改变了他们的生活。为了丢掉带给他们家族无尽麻烦的可乐瓶，奇哥跋涉千里，遇到许多麻烦……
城市女职员厌倦了职场生活，决意要到森林中的部族地区担任小学教师；在当地考察的生物学家开着破车来接她……
另一国家的反叛者也持枪闯入此地区，后面是紧追不舍的政府军……
第二部：
奇哥的两个孩子不小心上错车，开始了他们为期不常的奇妙旅行。一路上他们和一堆象牙作伴，摘食树上的果实，也不小心掉入水箱，见到了他们这一辈子都没有见到的水。发觉两个孩子丢失了，土著人奇哥又一次踏上了征途。他上一次的旅途，是为了丢掉给家族带来无尽麻烦的可乐瓶子，而这一次，是为了寻回亲人。
植物学家和女博士驾驶着飞机不幸误入沙漠，于是也开始了他们艰险也尴尬的冒险。来自于大城市的女博士，一旦遇到危险就形如超人捷过猴猿；临危不惧的植物学家也开始了与蜜獾和蝎子的死磕……
同样还有永远会出现的坏人——免费带两个孩子观光旅游的偷猎者先生，带着满车的象牙，去与传说中的老大接头；此外，在片中客串的，还有两个水火不容的军人，一路上忙忙碌碌追追赶赶打打杀杀……
于是，这来自于不同地方的三类人偶然碰头，寻亲的终于一家团圆，逃难的总算性命无忧，作恶的不免作茧自缚，让我们难忘的是其中令人开怀的故事、简单的讽刺、可爱的非洲小动物，还有两个孩子重逢的拥抱……
两部《上帝也疯狂》，都有着两条主线。一条是纯朴善良的非洲好居民奇哥及其一家老小，一条是误打误撞闯入非洲的所谓文明人，包括好人与坏人。
于是前者因为外界“文明”的到来，而感到新奇、疑惑而质朴可爱，还有点小滑稽。就像是第一部电影里，奇哥跋涉千里，就是为了丢掉带给他们家族无尽麻烦的小小可乐瓶子。
后者则因为突然闯入了陌生的“自然”，而显得惊慌、尴尬，乃至手足无措。就像是第二部的植物学家，遇见了那只死缠烂打英勇无畏咬定鞋子不放嘴的蜜獾……
当前者与后者相遇，两者尴尬相视，尴尬一笑，仿佛上帝善意的一个玩笑，但反衬出的是自然的“单纯”与文明的“莽撞”。
